A colonização de Porto Vera Cruz começou por volta de 1910. Os primeiros moradores vieram em canoa pelo Rio Uruguai, derrubando mato, construindo ranchos, dando início ao que hoje é o município. Eram descendentes de alemães, poloneses, russos e italianos.Naquela época não havia caminhos, o único meio para se deslocar era pelo Rio Uruguai, através de canoas e caíques. O primeiro nome dado pelos caçadores foi Lajeado Cafundo, devido ao seu relevo, cercado por morros e pelo Rio Uruguai. Mais tarde, em 1943, o comércio começou a expandir-se, alguns moradores, juntamente com o padre resolveram mudar o nome da cidade para Porto Vera Cruz.
Porto Vera Cruz está localizada a 546 Km da capital Porto Alegre.