A colonização do local começou quando a empresa Goelzer e Almeida adquiriu uma área de terra do governo para dividir em lotes rurais. Uma das preocupações dos primeiros colonizadores foi com a educação. A Vila de Santa Cecília pertencia ao distrito de Água Santa, esta ao município de Passo Fundo. Após a emancipação de Tapejara, passou à condição de distrito. Por ser uma colônia forte e central,cujo primeiros moradores demonstraram preocupação com a educação, apresentou bom crescimento.
Santa Cecília do Sul está localizada a 346 Km da capital Porto Alegre.