O nome do município origina do Rio São Valério, as margens do qual surgiu o povoado. Antigos moradores contam que o rio, tem essa denominação em homenagem à Valério, revolucionário que habitava suas nascentes, deixando um casebre que foi chamado Tapera do Valério. O município começou a ser ocupado por uma pequeno grupo de famílias, as quais eram atraídas para o local em virtude da extração da erva-mate, planta nativa abundante na região, fonte de renda dos primeiros visitantes. Emancipou-se em 20 de março de 1992.
São Valério do Sul está localizada a 468 Km da capital Porto Alegre.