Antes da criação do povoado, os indígenas ocupavam toda região, cujos vestígios aparecem até hoje em cavernas e terras de cultivos. Mais tarde vieram os bandeirantes paulistas e os tropeiros que iniciaram as primeiras fazendas. Todo território pertencia ao município de Santo Antônio da Patrulha e depois a Vacaria, também era conhecido como o Terceiro Distrito da Costa, devido sua proximidade com o mar. A distância que separa o distrito de Vacaria era grande e os meios de transportes tão precários que o povo começou a lutar pela criação de uma capela em local mais próximo e acessível. Bom Jesus foi criado em 21 de maio de 1879 com o nome de Capela do Senhor do Bom Fim (nome dado devido a devoção de Manoel Silveira de Azevedo, dono das terras, o qual fez uma promessa que se voltasse são e salvo da Guerra do Paraguai, iria formar uma capela). Em 16 de julho de 1913, Bom Jesus emancipou-se através do Decreto nº 2000, durante o governo do Dr. Antônio Augusto Borges de Medeiros, e teve como primeiro intendente municipal o engenheiro Artur da Silva Ferreira. As famílias colonizadoras vieram de diferentes regiões e países, trazendo consigo diversos culturas. Aos indígenas juntaram-se os portugueses, italianos, alemães e negros. Em 1918, por decreto de D. Miguel de Lima Valverde, bispo de Santa Maria, Bom Jesus passou a categoria de paróquia em 1940 à cidade. Pelos campos de Bom Jesus passaram grande mártires em operação de guerra, como na Revolução Farroupilha. Entre eles aparecem Anita Garibaldi, Bento Gonçalves, David Canabarro, etc.. O interesse político por Bom Jesus deu-se devido ao fato de haver no município o maior posto de arrecadação de impostos e controle do Governo Imperial, na província do Rio Grande de São Pedro, localizado no Rio Pelotas, no chamado Passo de Santa Vitória ou Guarda Velha.
Bom Jesus está localizada a 237 Km da capital Porto Alegre.