Em 1934 chega a Lagoão a família de Tomás Costa e dá início ao primeiro núcleo de moradores da localidade. O nome do município deve-se ao fato de a nascente do Rio Lagoão situar-se dentro do novo município. A primeira tentativa de emancipação ocorreu em 1980, abrangendo os distritos de Tunas e Bela Vista, mas somente em 1987 foi realizado o plebiscito, definindo a emancipação do município.
Lagoão está localizada a 259 Km da capital Porto Alegre.