O município de Santa Margarida do Sul emancipou-se em 17 de abril de 1996, pela Lei nº 10751, desmembrando-se de São Gabriel. Acredita-se que a origem do nome do município está ligada à existência de uma antiga estância de criação de gado. Os primeiros habitantes que se estabeleceram em Santa Margarida do Sul eram de origem portuguesa e seus descendentes dedicaram-se, até meados do século XX, somente à pecuária tradicional.
Santa Margarida do Sul está localizada a 301 Km da capital Porto Alegre.